Коноха:
После нападения Пейна и Конан, в Конохе наступили трудные времена. Деревня была полностью разрушена.Все силы брошены на восстановление домов и стратегически-важных объектов. Деревня Скрытого Листа становится лёгкой мишенью для членов Акацуки. Из-за травм полученных во время битвы, Цунаде впала в кому, встает вопрос о назначении нового Хокаге. Первым кандидатом становится Какаши Хатаке, но в резиденции появляется Данзо и заявляет о своих правах на данное место. Его выбирают пока временным главой деревни, но никто не догадывался, что Данзо воспользуется властью для достижения своих собственных целей. Коноха переживает времена Смуты.
На собрании пяти Каге, создается союз деревень, по которому все, вступившие в него обязывались помогать друг другу в борьбе против организации Акацуки. Во время совета появляется сам Саке Учиха с целью убийства Данзо, но по причине поражения ему это не удается. В защиту Учихи встает Мадара, и заявляет о своих планах создание нового джинчурики. Совет выступает против его плана, и выбирает главой союза главу Суны- Гаару
  Тем временем, в Конохе разгребают завалы и готовятся к принятию Шестого Хокаге, но Пятая внезапно выходит из комы и идет на поправку. Уже через неделю она была готова вернуться на свой пост, так и случается. Данзо снимают с поста Хакаге. Он обещает отомстить и скрывается.
  Все шиноби Скрытого листа направлены на устранения последствий взрыва и защиту границ от нападения.

Суна:
В деревне скрытого песка все было давольно тихо и спокойно, они жили обычной жизнью под управлением Кадзекаге Гаары, который совсем не давно на совете 5 каге был назначен- главою союза альянса шиноби,который вернулся в деревню навремя. Совсем недавно в Суне прошло обучения и экзамин на генина. это вызвано тем , чтоб поднять хоть как то боевую силу Суны, так как Гаара и его помошники- Канкуро и Темари, понимали, что их боевая мощь сейчас  слаба как ни когда, а для защиты нужно было как можно больше шиноби. После совета Гаара и его помошники Канкуро и Темари возвращаются в Суну и получают извещения с Конохи о том , что там идет переворот власти, на что Кадзекаге сразу же реагирует и высылает в Коноху, куноичи Темари, давая ей указания собрать как можно больше информации об обстановке в деревне и проведать 5-тую Хокаге. Темари выступает на рассвете и идет в Коноху , а все остальные включая Кадзекаге остаются на укреплении деревни в ожидании появления Акацуке.

Кумо:
После того, как было принято решение о создании Альянса, Кумо выбрали как селение, в котором будет находиться штаб совета лидеров Альянса. Именно из Кумо лидеры и должны были руководить другими селениями. Туда съехались все Каге, а следом за ними и часть шиноби из их селений. Военная мощь Кумо возросла во много раз, так как основная сила селений базировалась именно тут, но это недолжно радовать, ведь Кумо будет первой мишенью Мадары, лишь бы достать оставшихся Джинчурики, но лидеры альянса сослали Наруто и Килерра Би для совместной тренировки из Кумо.

Остальной мир шиноби: (Кири,Ива,Амэ,Ото,Кусо).
Наш сюжет основан на том, что после того, как было совершенно нападение на Коноху, в котором деревня понесла сильные потери, Акатсуки стали проявлять все большую активность. Они изъявили желание заполучить двух оставшихся Джинчурики: Наруто, который носит в себе девятихвостого демона, и Киллера Би, который является хозяином восьмихвостого. После смерти бывшего лидера организации Акатсуки – Пейна, на его место успешно заступает Учиха Мадара, который считался павшим в бою против Первого Хокаге Конохи, Сенджу Хаширамы. Так вот. Именно с целью заполучения двух Джинчурики, Акатсуки объявляют войну миру шиноби. Чтобы хоть как-то оказать сопротивление столь сильным сопеникам, мир шиноби остановился на том, что нужно действовать сообща и объединить силы. Вот так и был создан Альянс шиноби. Лидерами альянса стали члены совета пяти Каге, в который входили лидеры пяти наций шиноби. А во главу совета, по обоюдному решению был выбран Гаара, Кадзекаге.
Было решено, что штаб совета альянса будет находиться в стране скрытого облака. Именно там совет и обосновался, отдавая приказы другим деревням. Сплотив свои силы и объединив всех шиноби, альянс пытается противостоять силе Акатсуки.

Акацуки:
После победы младшего Учиха, Мадара рассказует ему всю правду о его брате, о клане и о Конохе, что шокирует парня и вводит его в транс, в котором он абсолютно не чего не примл. Мадара поведав эту историю, ждал ответа Саске, который сказал, что перебьет всю Коноху и отмстит за все присоединившись к Мадаре под его покровительством.Всвязи с последними событиями которые произошли в мире шиноби, многие деревни узнали, что произошло в Конохе, она была разрушенна членами Акацуке. 6 путей боли Пейна и Конан по приказу Мадары пошли в Коноху за девятихвостым, разрушив всю Коноху, Пейн сражался с Узумаки Наруто и все 6 тел пали. Наруто смог найти место где прятался сам Пейн и смог его переубедить, что вызвало в Пейне веру в Узумаки Наруто и он оживив всех шиноби которые погибли в Конохе потратил последние силы и умер. Конан знала о том , что Мадара все это просто так не оставит и хотела спрятать Пейна от него, так как Мадаре был нужен Ренинган Пейна, для чего только она не понимала, но эта сила зделала бы его еще сильнее. Конан спрятав Пейна в деревне дождя сама находилась там, что пока не знал не кто. Мадара собирает всех членов Акацуке в "Общем помещении Акацуке" и дает свои указания по поимке Конан и оставшихся хвостатых. Поимку Конан он взял на себя и спустя некоторое время без труда нашел ее, Конан не хотела отдавать просто так глаза Пейна, так как на считала, что его глаз это наследие их деревни и то , что Мадара не должен их получить, да бы дать еще крохотный шанс на спасение мира Узумаки Наруто. Завязался бой, казалось бы Конан все продумала и зделала секретную свою атаку в котрой Мадара не мог долго оставаться нематериальным, что бы привело его к неизбежной смерти. Но и сама Конан лишь поверхностно знала Мадару и техники Учиха, в минуту гибели Мадары он жертвует своим глазом, чтоб остаться в живых и превратить эту мощьнейшую атаку, в его иллюзию. Мадара остался жив и оказался взади Конан которая была шокирована и понимала что сейчас умрет. Мадара потерял один глаз и раскрыл ей секрет этой техники-Изанаги, он считал что она все равно не выживет и рассказал ей все о силе Пейна и кто ему ее дал, после чего ударил ее думая, что смертельно. Забрав глаза у Пейна, Мадара взял тело Конан и изчес,появился в "Общем помещении Акацуке" он дает там указания Карин , чтоб на постаралась вытащить как можно больше информации с ее тела и по возможности оставить ее в живых, поставив Конан печать. Мадара отдает приказ о поимке восьмихвостог джинчурики из деревни скрытого облака. На его поимку н отправляет Учиху Саске, Карин , Суйгецу и Джуга.